Heatmap: Cluster_60 (HCCA)

View as: (view raw or row-normalized)

View using InCHLib : here ( Experimental feature, still under development)

(Values are log2 transformed ratios of a genes expression in a sample divided by the mean expression level)

Gene
Archegonia (mature)
Antheridia (9 DAI)
Antheridia (small, 11 DAI)
Antheridia (mature, 14-15 DAI)
Antheridia (japan)
Antheridia
Antheridia Reute
Antheridia Gransden
Sperm cell packages
Gametophore
Gametophore (dehydrated)
Gametophore (rehydrated)
Gametophore (hydroponic)
Gametophore+auxin (hydroponic)
Leaflets
Paraphysis
Sporophyte (9 DAF)
Sporophyte (16 DAF)
Sporophyte S1
Sporophyte S2
Sporophyte S3
Sporophyte S4
Sporophyte (10 DPC)
Spore capsule (green)
Spore capsule (green, reute)
Spore capsule (mature)
Spore capsule (mature, reute)
Spores (germinating, continous light)
Protoplast
Protonema
Protonema (liquid culture)
Protonema+aba
Protonema+gametophore
Protonema+gametophore (continous light)
Protonema+gametophore (heat stress)
Protonema+gametophore (high light)
Protonema+gametophore (low light)
Protonema+gametophore+acetone
Protonema+gametophore+gib.acid (continous light)
Protonema+gametophore+glucose (blue light)
Protonema+gametophore+glucose (darkness)
Protonema+gametophore+glucose (far red light)
Protonema+gametophore+glucose (red light)
Protonema+gametophore+glucose (uv-b light)
Protonema+gametophore+jasmonate
Protonema+gametophore+stringolactone
Protonema+glucose (continous light)
Chloronema
- 2.99 -3.06 - -0.18 - - - - -1.71 1.27 1.91 -1.2 -1.18 -3.92 3.64 0.32 -1.47 - - - - -1.44 -0.89 -2.26 2.05 -1.21 -0.15 -0.34 -1.33 -0.78 -0.23 -2.35 -1.61 0.02 -2.27 -1.78 0.23 -0.21 -0.55 -1.97 - -1.97 -0.25 -0.71 0.29 -2.27 -2.51
- 2.96 0.48 0.94 -3.29 - - 0.37 - - - - -1.63 - -3.5 4.62 2.4 0.84 - - - - - -0.56 - 1.08 - - - -3.92 - - - -2.54 - - - - - - -1.82 - - - - -2.34 - -
- - - - - - - - - - - - - - - 4.6 -0.19 - - - - - - 3.84 0.01 2.12 1.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.99 0.52 - - - - - - - - - 1.9 - - 4.52 - - - - - - - - - 2.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.29 - - - - - - 0.43 -2.35 - -0.85 - -1.23 -1.95 4.75 0.79 - - -0.37 - - - - - 0.49 - -1.25 - -1.16 - - - - - - -0.47 - -0.8 - - - -1.09 0.27 -1.42 -1.54 - -3.21
- 2.25 1.03 - - 1.23 - - - - - - - -0.46 - 4.43 0.26 2.8 0.51 1.02 -0.41 - - 1.17 - 0.46 - - - - - - - - - -0.76 - - - - - - - - - - - -
- 2.25 1.03 - - 1.23 - - - - - - - -0.46 - 4.43 0.26 2.8 0.51 1.02 -0.41 - - 1.17 - 0.46 - - - - - - - - - -0.76 - - - - - - - - - - - -
- 4.7 3.47 - -0.15 - - - - - - - - - -2.92 - - 0.97 - - - - - - - 3.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.04 2.97 2.16 - - - - - - - - - - - - 1.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.39 2.45 -2.32 -3.15 - - - 2.36 - - - - - -6.17 4.14 0.68 1.3 - - - - - 0.0 - 1.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.96 3.42 1.91 0.9 -3.41 - - - 2.05 - - - - - -6.7 3.62 2.72 -0.9 - - - - -1.84 - - 2.52 - - - -3.99 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.71 0.78 2.36 -1.19 -0.53 - -1.59 -0.25 - - - - - -4.96 3.6 1.72 -1.21 - - - - - 2.96 - 1.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.15 2.04 -0.28 - -0.08 1.08 1.22 - -3.11 -1.95 - - - -4.19 - -0.29 -1.53 - - - - - 3.05 -0.96 1.47 0.5 -1.72 -2.0 -2.25 -1.47 - -1.36 -1.6 -1.15 -0.09 -0.55 0.49 -1.28 0.43 1.62 -0.69 -0.95 - - 0.3 -1.75 0.51
-2.22 2.21 -1.32 -1.75 -0.3 -0.23 -0.23 -2.65 -1.03 0.02 0.42 -0.03 -0.03 -0.1 0.07 2.87 -0.56 - 0.59 -0.51 -0.69 - -0.83 - -2.94 -1.81 0.79 1.19 -1.05 -0.41 -0.11 1.61 -0.43 0.37 -2.06 -1.14 -0.27 -0.23 0.0 -0.24 -0.29 -1.12 -0.54 -0.65 -1.55 -0.21 -0.47 0.26
- 3.67 4.32 3.93 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.0 2.14 - - - - - 1.66 - - - - - -3.07 3.38 2.24 -0.3 - - - - - 1.31 - 2.53 - - - -3.8 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.46 3.67 1.48 0.41 -1.12 -0.55 -0.64 -0.58 1.52 - - -1.7 -2.07 -2.25 -1.56 2.33 1.61 -1.53 - -1.26 - -1.4 - 0.18 -2.24 2.89 -2.81 - - -3.39 -2.69 -2.57 - - - - - - - - - - -0.6 - - - - -
- 5.25 3.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.85 1.27 - -0.23 - - - - - - - - - - 4.03 - 0.17 - - 2.78 0.91 - - - 2.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.7 0.16 -0.62 -0.32 -1.1 -2.01 -3.9 - -2.01 - - -3.8 - -2.93 3.06 -0.13 1.12 - - - - - 3.18 0.35 0.13 - -2.88 1.65 -1.67 0.92 -4.44 -0.54 0.36 -2.03 -1.11 1.32 -1.49 -0.1 0.32 - - -2.23 -2.03 -0.62 -1.59 -4.07 -4.05
- 3.35 - - - - - - 1.96 - - - - - -4.19 4.35 - - 1.37 1.0 - - - - - - 1.76 - - -1.8 -0.38 - - - - - - - - - - 0.87 1.07 - - - - -1.04
- 3.51 4.05 - 0.1 3.07 - - - - - - - - - - 2.34 1.24 - 1.65 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.31 2.76 - 0.78 - - - - - - - - - - 3.46 0.85 - - - - - - - - 2.76 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.89 -1.2 2.8 - - - - - - - - - - - - 0.39 - - - - - - 4.32 - 1.2 - - -1.03 - - - - - -0.82 - - - 0.06 - - - - - - - - -
- 2.86 1.8 -2.28 0.06 1.64 0.26 -0.72 - -2.95 0.83 1.52 -0.76 - -1.76 -0.83 0.31 0.59 0.45 1.55 1.87 1.21 0.85 -1.1 0.38 -1.0 0.63 -2.9 -3.55 -2.09 -1.31 -1.27 -1.84 -1.11 -2.31 -2.93 -1.03 -0.15 -2.46 -3.23 - -2.96 -2.71 -1.89 -2.19 -0.71 -1.93 -0.78
- 4.09 -0.77 2.62 - 1.68 -1.63 -0.52 2.46 - - - - - -4.87 3.35 1.06 -0.09 - - - - - - - 0.33 - - - -4.77 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.11 -0.15 -0.1 - - - - 3.06 - - - - - -5.95 4.44 1.38 - - - - - - - 1.27 1.3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.37 3.29 - -0.02 0.71 0.3 2.9 - -1.51 - - -0.14 -0.46 -3.1 2.84 - 0.7 - - - - - 0.75 - -0.72 - - 0.37 -1.91 -1.52 - - - - - - - - -1.14 - - - - - -0.07 - -
- 2.89 0.11 -1.53 -2.94 0.02 -0.74 - -2.06 -0.15 -0.29 -0.94 -0.86 -0.74 -1.13 3.25 -0.25 1.36 - 0.37 -0.93 -0.83 - - 0.7 0.78 0.19 -1.56 - 0.48 0.05 -0.72 -2.15 -1.05 - -1.75 -1.91 1.16 - -2.45 0.13 -0.75 -0.84 -0.31 - 0.11 -1.76 1.05
- 3.43 - 1.56 - - - - 1.61 - - - - - - 3.96 3.1 0.99 - - - - - - - 2.34 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.24 2.92 - - - - - - - - - - - - 4.22 1.51 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.58 2.97 1.79 -0.16 -0.01 - -0.24 0.58 2.61 -2.23 -1.85 -1.42 -2.72 -3.07 -1.3 2.82 2.1 0.91 -2.09 -2.37 -1.75 -1.12 - 1.45 -0.78 1.46 -1.43 -3.24 - -1.93 -1.77 -4.54 -3.63 -3.65 - -3.95 -4.25 -1.77 -3.57 -4.61 -1.44 -1.65 -3.05 -2.17 -3.17 -1.5 -1.68 -3.3
- 3.44 - - - - - - - - - - - - - 4.33 3.65 2.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.97 3.79 3.7 -0.06 -2.3 - - - - - - - - - -4.29 2.8 0.8 0.39 - - - - - - -1.59 0.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.97 - -0.28 -0.11 - 0.13 0.03 - - - - - - - 4.56 1.13 - - - - - - 1.45 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
0.39 2.77 -2.36 - -0.76 -0.03 0.78 1.38 -1.15 0.52 -1.97 -1.37 0.77 -0.56 0.24 -0.39 -0.97 2.64 - -2.85 - -1.25 -2.07 2.89 0.31 0.24 -0.63 -1.57 -3.16 -0.93 -1.27 0.71 -4.03 - - -1.9 -2.06 0.89 -0.66 -1.87 -1.6 - -0.64 -1.66 - -0.8 -1.22 -1.85
0.84 3.49 3.21 -0.14 -1.19 -0.45 -0.93 -2.43 - -3.26 -2.66 - -2.11 - -2.97 - 1.45 2.0 2.42 -1.38 0.19 0.49 - 0.16 0.1 1.78 -0.78 - - -2.32 - - - - - - - - - - -2.29 - - - - -1.79 - -1.42
2.88 4.3 - 1.39 - - - - 1.0 - - - - - -3.96 3.46 2.07 -0.8 - - - - - - - -0.94 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.71 0.95 -0.32 - - - - - - 1.56 -0.32 - - - 3.55 1.6 0.26 - - - - - - -0.54 1.55 - - - -1.07 - 1.78 - -0.39 -0.38 0.41 - - - - - - - - - - 1.04 -
- 3.37 1.68 -0.04 -0.9 -0.6 1.92 -0.05 0.82 -4.3 -3.47 -2.63 -1.25 -2.33 -2.98 2.92 -0.09 0.69 -2.21 - -0.82 -0.85 - 0.09 1.97 0.39 -0.27 - 0.93 -1.25 -3.95 - - -3.52 -1.4 - - - - -2.96 0.2 - -2.24 - -1.18 - -3.27 0.31
- - 1.91 1.12 - - - - - - - - - - - 3.73 0.16 1.11 - 2.46 2.24 0.2 - 3.15 -0.02 1.4 -0.59 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -0.31 - -1.94
- 4.9 3.7 0.36 - - - - - - - - - - - - 1.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.78 4.09 - - - - - - - - - - - - - 0.47 -0.22 - - - - - - - 0.37 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.39 3.58 0.78 0.51 -1.78 - - - 1.53 - - - - - -5.74 4.19 2.25 -1.09 - - - - - -2.18 - 2.37 - - - - - - - - -3.76 - - - - - - - - - - - - -
- 2.54 3.41 2.12 - - - - - - - - - - - - 2.76 1.66 - - - - - - - 2.14 - - 0.07 -0.52 0.26 - -0.74 -0.1 - - 0.39 - - 0.63 0.63 0.45 0.55 - - - - 0.27
- 3.3 1.83 - - - - - 2.79 - - - 0.01 - -5.12 3.91 0.57 0.19 - - - - - 2.4 - 1.57 - - - -3.15 - - - - - - - -0.7 - - - - - - - - - -
- 5.25 2.61 - -0.78 - - - - - - - - - - - 0.48 -1.77 - - - - - -1.2 - 0.23 - - - -5.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.85 -0.04 - 0.34 - - - 2.38 - - - - - - 3.73 2.59 1.58 - - - - - 2.87 0.05 1.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.96 0.4 -2.63 -3.56 - - - 2.81 - - - - - -4.54 3.53 0.44 - - - - - - -2.35 - -1.46 - 0.84 -1.71 -0.75 -2.19 - -2.53 -1.52 - - - - - 0.43 - -1.23 -1.05 1.18 -0.9 -1.5 0.31 -2.16
- 4.35 1.65 - - - - - - - - - - - - 4.48 0.87 - - - - - - - - - - - - -1.31 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.62 - - -0.24 -1.31 - - - -1.32 - - -2.38 -0.7 -5.38 4.01 1.16 -2.65 - -2.51 -2.73 -0.01 - - - -0.25 - -0.74 1.07 0.26 -1.29 -3.09 -2.31 -0.62 -3.24 0.52 -3.02 -0.01 -1.4 0.42 -1.56 - - -1.24 -1.97 0.51 -1.87 -2.0
- 3.57 0.24 1.34 -2.38 - - - -3.22 - - - - - - 4.62 -1.33 1.08 - - - -2.03 - - - 2.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
2.13 3.59 2.66 1.53 -1.75 - - - - - - - - - -4.19 3.19 2.61 - - - - - - 0.8 - 2.32 - - - -3.6 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.72 -0.24 1.01 -0.84 0.63 2.69 - - - - - - - - 4.13 1.89 - - - - - - - -1.66 0.74 - - - -5.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - -3.49
-0.36 2.75 1.51 -0.8 -3.8 -0.12 -3.56 -2.35 2.05 -4.49 - - - -0.96 -6.81 3.56 1.87 1.46 - -3.55 - -1.1 - 2.78 0.72 1.7 -3.64 - -2.87 -4.96 -4.55 - - -4.04 - - - - - - - - - -3.19 - -3.33 - -
- 4.19 2.59 - -0.78 - - - 2.68 - - - - - - - 3.56 - - - - - - - - 2.32 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.09 2.75 - -0.98 - - - - - - - - - - - 0.47 - - - - - - - - 2.41 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.01 -0.21 1.56 0.04 - - - 2.5 - - - - - - 3.85 1.39 - - - - - - - - 2.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.5 - 1.25 - - - - 1.26 - - - - - -4.28 4.14 0.98 - - - - - - - - 0.04 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- - 1.36 - 1.9 1.08 - - - -0.74 - - - - - 3.41 0.33 - 3.16 2.27 - 0.83 - 3.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.8 - -
- 4.55 0.62 - -0.51 - - - - - - - - - -5.18 4.19 0.83 -1.7 - - - - - - - 0.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 5.14 2.19 - 0.06 - - - -1.17 - - - - - - 0.18 0.08 -2.12 - - - - - -0.35 - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.99 - -0.31 -0.95 - - - - - 1.07 3.07 - - - 3.55 1.13 - - - - - - 0.6 - 0.34 1.84 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.6 0.07 - - - - - 2.78 - - - - - - 3.22 3.57 - - 1.72 - - - - - 1.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.65 - -0.09 - - - - - - - - - - - 4.17 0.83 - - - - - - - - 1.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.79 0.78 1.22 - - - - - - - - - - - 4.41 1.84 - - - - - - - - 2.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.55 3.66 3.59 - - 1.06 - - - - - - - - - 1.28 - - - - - - - - 2.82 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.27 2.04 0.14 -0.31 1.79 1.44 1.08 -0.2 -0.93 - - -3.21 -0.18 -2.03 1.29 0.75 0.47 -0.64 -0.35 -1.45 -1.04 -1.35 2.13 -1.1 -0.29 -1.92 -2.66 -3.31 -1.61 -1.92 - -2.0 0.22 -3.1 -1.49 -1.01 -0.89 - -1.65 -2.38 - 0.02 -0.54 -0.81 -1.9 -2.69 -1.69
- 4.73 2.27 0.81 - - - - - - - - - - - 1.48 2.57 0.18 - - - - - - - 2.35 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.95 1.75 1.35 - - - - - - - - - - - 3.99 -0.22 1.01 - - - - -0.11 -2.54 1.06 1.19 1.27 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.62 -0.09 1.61 - - - - 3.09 - - - - - - 2.26 3.21 - - - - - - - - 3.2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.58 -3.36 0.39 - - - - 2.28 - - - - - - 4.57 1.26 -2.01 - - - - - -0.85 - 1.55 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-0.03 2.92 1.68 -0.02 -1.55 -1.85 -3.14 -2.98 2.22 0.1 -1.12 -1.09 -1.15 -1.32 -1.31 0.76 2.14 0.06 0.28 -0.24 0.06 -0.03 - -0.67 0.37 0.57 -1.77 -0.43 -1.37 -1.1 1.13 -1.63 -1.26 -3.27 -2.54 -1.75 -2.31 0.3 -1.3 -1.0 -0.61 -0.92 -1.0 -1.28 -3.0 -0.04 -0.58 -1.77
- 3.99 -2.01 1.25 0.13 0.56 0.5 0.99 - -2.49 - - -1.74 - -3.59 2.99 1.8 -1.41 - - 0.02 - - - 0.96 1.44 - - - -1.78 - - -2.33 - - - - -0.33 - 0.5 - -1.26 0.51 - -1.33 -0.94 - -
1.63 4.63 2.18 - 1.95 - - - - - - - - - - 3.35 0.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.38 3.75 3.28 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.98 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
-1.14 4.74 -0.85 - -1.23 -0.28 - - -1.37 - - - - - - 3.98 -1.26 -1.84 - - - - - - - 1.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 3.95 0.59 -0.3 - - - - 3.02 - - - - - -5.56 3.97 1.2 0.04 - - - - - - - 1.64 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 2.32 -2.76 1.18 -1.36 - -0.61 0.82 1.51 0.44 - - -0.83 -2.9 -2.15 4.41 2.14 -2.69 - - - - - - - 2.09 -1.93 - - -4.19 -2.51 - - - - - - -1.09 - -3.28 -1.1 -1.82 -1.96 - - -1.21 - -4.81
- 3.84 2.38 - - - - - 0.32 - - - - - - 4.69 - - - - - - - - - 0.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
- 4.1 -0.21 0.09 -1.21 -0.19 - - - -2.47 - - - - -2.32 3.63 1.19 2.58 - - - - - - 0.28 1.26 -0.27 -2.22 -1.81 -3.62 - -2.78 -2.92 -1.41 - - - - - - - -2.43 -2.76 - - -2.78 -2.56 -1.93
- 2.24 2.5 -2.91 -1.13 1.54 1.29 0.3 -1.81 -1.21 -1.4 -0.85 -1.17 -0.14 -1.56 - 0.64 -1.02 -1.18 -1.66 -2.8 -2.63 -1.63 -1.09 -0.07 0.1 1.16 -0.68 -1.24 0.01 -0.99 1.28 -1.33 0.13 -1.52 -1.41 -0.75 0.08 -0.26 -0.05 -0.05 -0.58 -0.8 0.28 -1.04 0.53 0.63 0.47
- 3.61 2.02 2.46 - - - - 2.61 - - - - - -4.76 2.38 3.45 -1.75 - - - - - -1.67 - 1.77 - - - -7.49 - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Details

Dark gray cells indicate values where the raw expression is zero (cannot be log-transformed). Blue cells indicate samples where the expression of the gene is below average and red cells indicate the gene is expressed above average in the sample. White cells are average.